Está situado en el antiguo oratorio de Santa Caterina d’Alexandria del Port de Sóller, el único puerto natural de la Sierra de Tramontana y durante siglos única vía de comercialización para los sollerics. El edificio fue construido alrededor de 1280 y ha vivido numerosos episodios de destrucciones, reconstrucciones y epidemias.

Fue utilizado como lazareto y hospital, estando ocupado por el Ministerio de Marina durante la Guerra Civil Española. Tras una etapa de abandono pasó a manos del Ayuntamiento de Sóller, que llevó a cabo un proceso de restauración integral para convertirse en 2004 en un museo temático de la mar. En sus salas se cuenta la historia apasionante de este pueblo de navegantes a través de antiguas piezas navales, objetos relacionados con la pesca, maquetas de embarcaciones, fotografías históricas, documentos, etc.

El museo se encuentra actualmente cerrado (posiblemente se abra en unos meses), pero sí se celebran conciertos y funciona como sede del Festival de Música Clásica Port de Sóller.